微生物指标是衡量食品安全最常见、最重要的因素之一 。食品中如果含有超出一定数量的微生物，不仅会使食物变质、腐败、失去营养价值，而且还会危害人类的健康和安全。当然，当代微生物所涉及的领域不仅存在食品领域，也存在如下领域：
| 食品 | 肉制品、水产制品、蛋制品、粮食制品、乳制品、饮料等。 |
| 水质 | 生活饮用水、矿泉水、纯净水、天然净水、瓶桶装饮用水及工业用水等。 |
| 医药产品 | 药品、药品原料、保健品、中药材、中药饮片、医疗产品等。 |
| 日用产品 | 化妆品、清洁护理用品、洗涤用品、一次性卫生用品、一次性医疗用品等。 |
【部分标准分类】
标准 分类 | 标准号 | 学术分类 | 微生物分类 |
| GB | 4789.15-2016 | 食品微生物学检验 | 霉菌和酵母计数 |
| GB | 4789.8-2016 | 食品微生物学检验 | 小肠结肠炎耶尔森氏菌检验 |
| GB | 4789.41-2016 | 食品微生物学检验 | 肠杆菌科检验 |
| GB | 4789.9-2014 | 食品微生物学检验 | 空肠弯曲菌检验 |
| GB | 4789.11-2014 | 食品微生物学检验 | β型溶血性链球菌检验 |
| GB | 4789.14-2014 | 食品微生物学检验 | 蜡样芽胞杆菌检验 |
| GB | 4789.7-2013 | 食品微生物学检验 | 副溶血性弧菌检验 |
| GB | 4789.26-2013 | 食品微生物学检验 | 商业无菌检验 |
| GB | 4789.28-2013 | 食品微生物学检验 | 培养基和试剂的质量要求 |
| GB | 4789.31-2013 | 食品微生物学检验 | 沙门氏菌、志贺氏菌和致泻大肠埃希氏菌的肠杆菌科噬菌体诊断检验 |
| GB | 4789.39-2013 | 食品微生物学检验 | 粪大肠菌群计数 |
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