食品微生物实验室环境作为质量管理人、机、料、法、环中的重要组成部分，《GB 4789.1—2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 总则》该标准作为了食品微生物学检验基本原则和要求。
评价食品品质的指示菌，间接地表示食品腐败变质的程度及劣化程度。我国最常用的是菌落总数、霉菌和酵母计数。
评价食品安全性的致病菌，常见的食源性致病菌是重要的对象微生物，如沙门氏菌、志贺氏菌、单增李斯特氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌等。目前我国食品安全国家标准基础标准和产品标准中的致病菌指标包括沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌、大肠埃希氏菌O157:H7、单核细胞增生李斯特氏菌、阪崎肠杆菌等。
评价食品的质量和安全性两方面的指示菌
包括肠杆菌科、大肠埃希氏菌（大肠杆菌）、大肠菌群、粪大肠菌群等。我国最常用大肠菌群，欧美常用肠杆菌科。
检测内容通过食品微生物检测检验，可以判断食品加工环境及食品卫生情况，能够对食品被细菌污染的程度作出正确的评价，为各项卫生管理工作提供科学依据。
食品微生物检测类别：
奶制品、罐头食品、调味品、蛋制品、淀粉类制品、发酵非发酵性豆制品、谷物类、冷冰饮品、糖果以及饮用天然矿泉水等。
食品微生物检测类别
| 类别 | 项目名称 |
| 非致病菌 | 菌落总数、大肠菌群、粪大肠菌群、大肠杆菌、霉菌、酵母菌、乳酸菌 |
| 致病菌 | 沙门氏菌、单核增生李斯特氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌、霍乱弧菌、绿脓杆菌、溶血性链球菌、产气荚膜梭菌、蜡样芽孢杆菌、大肠埃希氏O157：H7、致泻大肠埃希氏菌等 |
| 其他 | 罐头食品的商业无菌、厌氧菌落总数、厌氧亚硫酸盐还原菌、 需氧嗜温菌芽孢、厌氧嗜温菌芽孢、嗜热嗜酸菌、嗜热菌落总数等 |
中科检测展开评估原料、半成品食品、最终产品和流程的安全性和功效。
检测标准| 产品名称 | 检测标准 | 检测项目 |
| 食品微生物检测 | 食品安全国家标准 食品微生物学检验 | GB 4789-2016 |
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